Jak rozliczyć VAT z faktury wewnętrznej wystawionej dwukrotnie

Nasza spółka dokonała wewnątrzwspólnotowego nabycia samochodu osobowego. Przed rejestracją konieczne jest zapłacenie VAT na podstawie wystawionej faktury wewnętrznej. Księgowa wystawiła pierwszą fakturę z datą 31 lipca 2007 r., którą przesłała urzędowi skarbowemu. Następnie wystawiła kolejną fakturę, z datą 1 sierpnia 2007, którą wprowadziła do ksiąg rachunkowych. W wyniku kontroli zostały ujawnione dwie faktury w urzędzie, natomiast w księgach była tylko jedna - prawidłowo ujęta w sierpniu. W postanowieniu określono, iż firma zmuszona jest do zapłaty podatku wynikającego z obu faktur, mimo że dotyczą tej samej czynności. Czy powinniśmy zapłacić podatek wynikający z obu faktur? Co z odliczeniem VAT z takich faktur?