W jaki sposób ewidencjonować sprzedaż towarów w opakowaniach zwrotnych

Prowadząc sklep spożywczy sprzedaję w formie kaucji opakowania (butelki). Część tych opakowań nie wraca do sklepu. Po pewnym czasie pozostają mi puste transportery, które zwracam hurtowni i w tym momencie jestem obowiązany dopłacić VAT do brakujących butelek. Czy ja sprzedając butelki też mam od klientów pobierać VAT, gdyż w tym momencie to już jest towar, a nie opakowanie? Jeżeli tak, to jak postępować z paragonami o wartości ujemnej - zwrot opakowań?